SMP Walisongo Pecangaan berdiri tanggal 15 Juli 1986 dengan Surat Keputusan Yayasan Walisongo Pecangaan Nomor : 015/YWS/I/1986. Perkembangan Lembaga Pendidikan di bawah naungan Yayasan Walisongo Pecangaan termasuk SMP Walisongo Pecangaan, tidak bisa lepas dari sebuah Lembaga Pendidikan Nahdlatul Ulama yang berdiri pada tanggal 5 Agustus 1965, yaitu Muallimin NU. Lembaga inilah yang menjadi cikal bakal bagi seluruh lembaga pendidikan yang sekarang dikelola oleh Yayasan Walisongo yakni : Madrasah Aliyah, SMP dan SMA Walisongo.

Pada awal berdirinya, Muallimin NU menyelenggarakan kegiatannya di Gedung Koperasi Tenun di desa Troso (1,5 Km sebelah barat desa Pecangaan). Kegiatan belajar mengajar yang diselenggarakan di sini berlangsung selama 3 (tiga) tahun, selanjutnya pada tahun 1968 dialihkan ke gedung milik sendiri, sampai dengan tahun 1970, dan bersamaan dengan itu terjadi perubahan nama menjadi PGAP (Pendidikan Guru Agama Pertama), dan kemudian menjadi PGAA (Pendidikan Guru Agama Atas)/

Pada tahun 1971, dengan dasar pertimbangan untuk memilih lokasi yang strategis di kota kecamatan, maka PGAA dipindah ke Pecangaan. Seiring dengan itu sesuai dengan ketentuan yang berlaku pada saat itu, maka pada tahun 1978, PGAP berubah menjadi MMP (Madrasah Menengah Pertama), sedang PGAA tetap berjalan sampai kemudian pada tahun 1979, MMP menjadi Madrasah Tsanawiyah (MTs) Walisongo, dan PGAA menjadi Madrasah Aliyah (MA) Walisongo.

Sesuai dengan Visi dan Misi Yayasan Walisongo Pecangaan, untuk mengakomodasi aspirasi masyarakat yang berkembang pada saat itu yaitu belum bisa tertampungnya lulusan SD/MI sesuai kebutuhan, maka didirikanlah SMP Walisongo Pecangaan.

Sambil menunggu ijin operasional dari Pemerintah, dibukalah Penerimaan Siswa Baru untuk pertama kalinya, yaitu tahun 1986/1987.

Alhamdulillah dengan ikhtiyar Pengurus Yayasan Walisongo Pecangaan yang tidak mengenal lelah, pada penghujung tahun 1987. SMP Walisongo Pecangaan memperoleh restu dari Pemerintah dengan diterbitkannya surat ijin operasional yaitu : Surat Keputusan Kepala Kantor Wilayah Departemen Pendidikan Nasional Nomor : 2318/103/I-87 tanggal 22 Desember 1987 tentang Pendirian Penyelenggaraan Sekolah Swasta.

Keberadaan SMP Walisongo Pecangaan semakin kuat secara Yuridis setelah mengikuti berbagai tahapan Akreditasi yang diselenggarakan oleh Pemerintah. Tahapan akreditasi tersebut adalah :

Sampai dengan Tahun Pelajaran 2011/2012, telah terjadi perubahan Kepala Sekolah sebagai berikut :

1. Drs. Ali Munir Basyir                        : Tahun 1986 – 1987
2. Drs. Mahally Djoefri                         : Tahun 1987 – 1992
3. Muhlisin                                             : Tahun 1992 – 1998
4. Drs. Dasiman Adnan                         : Tahun 1998 – 1999
5. Drs. Awwabin Cholil                         : Tahun 1999 – 2004
6. Mulyono, S. IP                                   : Tahun 2004 – 2008
7. H. Muwassaun Ni’am                        : Tahun 2008 – 2009
8. Mulyono, S.IP.,M.Pd.I                      : Tahun 2009 – 2019
9. Sutarwi Syamsul Ma’arif, S.Si          : Tahun 2019 – 2020
10. Nurul Zulaeha, S.Pd.,M.Pd               : Tahun 2020 – Sekarang