Berdasarkan penyelenggaraannya SMK Walisongo merupakan lembaga pendidikan termuda di bawah naungan Yayasan Walisongo Pecangaan Jepara. Keberadaan SMK Walisongo adalah upaya pengembangan dibidang pendidikan dari Yayasan Walisongo melalui lembaga Pendidikan Madrasah Aliyah, sehingga nama lembaga tersebut pada awalnya adalah SMK Kelas Jauh di MA Walisongo.
SMK Kelas Jauh di MA Walisongo mulai menyelenggarakan kegiatan pendidikan dan diklat pada tahun pelajaran 2004-2005 dengan Program keahlian Kriya Tekstil, berdasarkan Surat Kesepakatan Bersama Pembukaan SMK Kelas jauh antara Madrasah Aliyah Walisongo dengan SMK Negeri 2 Jepara yang ditandatangani pada tanggal 12 Juni 2004. Surat Kesepakatan tersebut dikuatkan dengan Surat Keputusan Kepala Dinas P dan K Kabupaten Jepara no. 421.5/00171 tentang Penunjukan SMK Negeri 2 Jepara menjadi SMK Induk Bagi SMK Kelas Jauh di MA Walisongo Pecangaan.
Satu tahun kemudian SMK kelas jauh di MA Walisongo mulai berkembang dengan membuka program keahlian baru yaitu Teknik Mekanik Otomotif (sekarang menjadi Teknik Kendaraan Ringan otomotif). Seiring perkembangannya, pada tahun ke – 3 (tahun 2007/2008) SMK Kelas Jauh di MA Walisongo mengajukan ijin operasional mandiri ke Bupati Jepara. Alhamdulillah dengan Rahmat Allah dan perjuangan semua stake holder sekolah pada tanggal 26 Juli 2007 SMK Kelas Jauh di MA Walisongo mendapat ijin operasional mandiri dengan Nomor Surat: 421.4/3290. Dengan demikian SMK kelas jauh di MA Walisongo resmi menjadi lembaga/unit mandiri dengan nama SMK WALISONGO PECANGAAN JEPARA.
Pada awal tahun pelajaran 2008/2009 SMK Walisongo melaksanakan akreditasi yang diselenggarakan oleh Badan Akreditasi Sekolah/Madrasah pada tanggal 27, 28, 29 dan 30 Agustus 2009. Hasil Akreditasi adalah Baik (B) untuk semua Program Keahlian baik Kria Tekstil maupun Teknik Mekanik Otomotif. Selanjutnya, tahun 2010/2011 sekolah membuka program keahlian baru, yaitu program keahlian Teknik Komputer Jaringan dan yang terakhir pada tahun 2014/2015 membuka Program keahlian Perbankan Syariah.
Sedangkan Akreditasi terakhir Tahun 2018/2019 untuk semua kompetensi keahlian SMK walisongo mendapatkan preduikat Baik (B).
Program Keahlian ( Jurusan )
- Kriya Kreatif Batik dan Tekstil
- Teknik Kendaraan Ringan Otomotif
- Teknik Komputer dan Jaringan
- Perbankan Syariah
