Sejarah dan perkembangan MTs. “Walisongo” Pecangaan, tidak bisa lepas dari berdirinya sebuah lembaga pendidikan Nahdlatul Ulama tanggal 5 Agustus 1965, yaitu Muallimin NU. Lembaga inilah yang menjadi cikal bakal bagi seluruh lembaga pendidikan yang sekarang ini dikelola oleh Yayasan Walisongo yakni; Madrasah Diniyah Awwaliyah, Wustho, dan Ulya, MTs, MA, SLTP, dan SMU.
Pada awal berdirinya, Muallimin NU menyelenggarakan kegiatannya di gedung Koperasi Tenun di desa Troso (1,5 Km sebelah barat Desa Pecangaan). Kegiatan belajar mengajar yang diselenggarakan di sini berlangsung selama 3 tahun, selanjutnya pada tahun 1968 dialihkan ke gedung milik sendiri, sampai dengan tahun 1970, dan bersamaan dengan itu terjadi perubahan nama menjadi PGAP (Pendidikan Guru Agama Pertama), dan kemudian menjadi PGAA (Pendidikan Guru Agama Atas).
Pada tahun 1971, dengan dasar pertimbangan untuk memilih lokasi yang strategis di kota Kecamatan maka PGAA dipindah ke Pecangaan. Seiring dengan itu sesuai dengan ketentuan yang berlaku pada saat itu maka pada tahun 1978, PGAP berubah menjadi MMP (Madrasah Menengah Pertama), sedang PGAA tetap berjalan sampai kemudian pada tahun 1979, MMP menjadi Madrasah Tsanawiyah (MTs), dan PGAA menjadi Madrasah Aliyah (MA) “Walisongo”.
Keberadaan MTs. Walisongo semakin kuat secara yuridis setelah dikelola oleh sebuah yayasan yang berbadan hukum, melalui Akte Notaris J. Moeljani, SH Nomor 100 pada tanggal 15 Pebruari 1980 yang bernama Yayasan Walisongo yang berkedudukan di Pecangaan.
Sejak nama madrasah berubah menjadi MTs. Walisongo sampai dengan tahun ke-17 keberadaannya berjalan dengan apa adanya dan tetap bersetatus terdaftar. Hal ini tidak terlepas dari tidak adanya political will dari pemerintah. Baru pada usianya yang ke-18, status MTs. Walisongo Pecangaan menjadi Diakui setelah lulus akreditasi dengan Surat Keputusan No. WK / 5 – c / PP.00.5 / 1390 / 1993, tertanggal 30 Juni 1993. Kemudian pada tahun pelajaran 1997 / 1998 status tersebut meningkat menjadi DISAMAKAN setelah lulus akreditasi disamakan dengan surat keputusan No. WK/5.a/PP.00.5/1543/1997 tertanggal 6 Juni 1997.
Sampai dengan tahun pelajaran 2020 / 2021 ini, MTs. Walisongo Kepala Madrasah sejumlah 6 orang yang memimpin secara berurutan yakni:
- Pimpinan Pertama : K.H. Mahfudz Asymawi (1975-1992)
- Pimpinan Kedua : Drs. Mahalli Djufri, M.Pd (1992-1998)
- Pimpinan Ketiga : H. Hariyanto, S.Ag (1998-2007)
- Pimpinan Keempat : Drs. H. Ahmad Raspani (2007-2012)
- Pimpinan Kelima : Mastur, M.Pd.I (2012 – 2019)
- Pimpinan Keenam : Achmad Zainudin, S.Kom, ( 2019 s/d Sekarang)
